南總醫院前身系中央醫院。中央醫院可追溯到1929年籌建的中央模范軍醫院。1930年1月，國民政府行政院將其改建為國立中央醫院，由南洋華商胡文虎捐資建造。是中國自建的第一所現在國立醫院、國內首家由中國人自己創建的國立西醫院。曾任國民政府衛生部部長劉瑞恒擔任首任院長?？箲鹌陂g，中央醫院先后輾轉長沙、貴陽。1941年遷至重慶?？箲饎倮?，國立中央醫院部分遷回南京，部分留在重慶，部分遷移至廣州。南
京中央醫院于1950年改為華東軍區醫院；1955年，改名為南京軍區總醫院，1986年，更名為南京軍區南京總醫院。